Darm & Mastzellen: Mikrobiomanalyse qualitativ oder quantitativ?

TL; DR: Ob einem ein Mikrobiomtest für die eigene Fragestellung etwas bringt, hängt entscheidend von der angewandten Methodik ab, die leider von den wenigsten Anbietern verraten wird. Qualitative Verfahren (16S, Shotgun) zeigen relative Häufigkeiten. Zielgerichtete Verfahren (qPCR, GA-map, klassische Kultur) finden allerdings nur, wonach auch konkret gesucht wird: qPCR und Kultur liefern absolute Zahlen, die GA-map vergleicht Signale mit einer gesunden Referenzgruppe. Die etablierte Kassenleistung beim Hausarzt landet meist bei der veralteten Kulturmethode, mit abschließender Empfehlung zu den fragwürdig beworbenen Präparaten Symbioflor 1 und 2. Ein Stuhl-pH-Wert, der bei zwei Laboren im Abstand weniger Wochen einmal als zu niedrig und einmal als zu hoch gemeldet wurde, ist sinnbildhaft für unterschiedliche Referenzbereiche der Labore. Die internationale Konsenserklärung von 2025 bringt es auf den Punkt: die Evidenz für einen klinischen Nutzen von Mikrobiomtests bleibt spärlich, ein Konsens zur Regulierung der Anbieter fehlt bis heute. Dennoch mein persönliches Fazit: nicht aufhören zu testen, aber mit realistischen Erwartungen. Den Befund als Ausgangspunkt für eine vorsichtige Selbsterprobung nehmen, nicht als sichere Diagnose.

16S, Shotgun und weitere Methoden hinter der Mikrobiomanalyse

Theoretisch lassen sich alle Mikrobiomtests in eine von zwei Kategorien einteilen, entweder ist der Test qualitativ oder er ist quantitativ.

Qualitativ per Sequenzierung

Bei der qualitativen Analyse wird im Prinzip das Erbgut der Bakterien im Darm ausgelesen. Das wiederum kann man auf die einfache Tour (=günstiger) machen, über die sogenannte 16S-rRNA-Sequenzierung. Oder über die komplexere und deutlich teurere Shotgun-Metagenomik.

Bei der 16S-rRNA-Sequenzierung wird eine einzige Genregion vervielfältigt und erzielt damit eine Bestimmung auf Gattungsebene.

Bei der Shotgun-Metagenomik wird das komplette genetische Material sequenziert, was dann zu einem deutlich detaillierteren Ergebnis führt, bis runter auf die Spezies- und teils Stamm (Strain)-Ebene. Zusätzlich werden hier auch Funktionsgene erfasst. Man sieht also nicht nur wer da ist, sondern auch was diese Bakterien potentiell können.

Diese qualitativen Analysen liefern in den meisten Fällen lediglich relative Häufigkeiten, also Prozentanteile, und keine absoluten Zahlen. Man kann es sich so vorstellen: Wenn eine Bakteriengruppe in deinem Befund zugenommen hat, kann es bedeuten, dass eine andere Bakteriengruppe einfach abgenommen hat - und nicht zwangsläufig, dass insgesamt mehr von der ersten Gruppe da ist.

Quantitativ per qPCR

Bei der quantitativen Polymerase-Kettenreaktion (PCR) wird nicht das komplette Erbgut ausgelesen, sondern gezielt nach einer vorher definierten Liste bekannter Organismen gesucht. Man zählt also praktisch, wie oft die DNA eines einzelnen Bakteriums in der Probe vorkommt. Jede Bakterienzelle enthält dabei eine feste Anzahl an Kopien eines spezifischen Gen-Abschnitts. Verwendet werden echte, absolute Kopienzahlen pro Gramm Stuhl als Ergebnis, zum Beispiel "10 Millionen Kopien von E. coli pro Gramm". Das passiert unabhängig von der Anzahl anderer Bakterien in der Probe.

Der Haken an der Sache ist, dass ihr nur findet, was ihr auch sucht. Ein unbekanntes oder unerwartetes Zielmuster, das sich außerhalb der gesuchten Liste befindet, bleibt unerkannt.

Wie gut oder schlecht zwei Methoden an denselben Proben übereinstimmen, zeigt die folgende Abbildung. Oben ist zu sehen, wie oft qPCR (rosa) und Shotgun-Sequenzierung (blau) jede von 45 Bakterienarten in 22 Stuhlproben nachweisen. Die Heatmap darunter vergleicht die gemessenen Mengen: Dunkelblau steht für gute Übereinstimmung, Weiß für keine. Aussagekräftig ist vor allem die Diagonale, wo dieselbe Art von beiden Methoden gemessen wurde. Sie ist nicht durchgehend dunkelblau, bei mehr als einem Drittel der Arten fand sich keine signifikante Korrelation.

Quantitativ per Kultur

Der Vollständigkeit halber möchte ich auch die Stuhluntersuchung mit klassischer Bakterienkultur nicht unerwähnt lassen. Wer (wie ich) schon einmal beim Hausarzt oder sogar Proktologen versucht hat, einen Mikrobiomtest auf Kassenrezept zu machen, der wird prinzipiell bei der quantitativen Analyse mittels Bakterienkultur landen.

Hierbei handelt es sich um eine echte, absolute Zählung der Bakterienkolonien, die auf dem Substrat (= verdünnte Stuhlprobe) als Nährboden wachsen. Daraus lässt sich theoretisch die ursprüngliche Bakterienanzahl in der Probe ausrechnen. Sehr großes Manko: Die Routinekultur erfasst nur einen kleinen Teil der Darmbakterien, weil sie auf wenige Zielkeime ausgelegt ist. Die meisten anaeroben Bakterien sterben unter Laborbedingungen ab oder wachsen gar nicht erst an. Das Resultat ist also nur ein sehr kleiner, unvollständiger Ausschnitt des tatsächlichen Mikrobioms.

Man kann sich ausmalen, wie "hilfreich" das schlussendlich ist. Leider ist diese Analyse kassenärztlich etabliert, günstig und die Ergebnisse lassen sich direkt in ein sehr altes, bekanntes Therapiekonzept übersetzen. Nämlich die Präparate Symbioflor 1 und Symbioflor 2. Wer diese Art der Analyse schon hinter sich hat, weiß, was ich meine... Für Mastzellpatient:innen gibt es zu diesen Probiotika keine Daten, und manche vertragen sie schlecht. Ganz zu schweigen von der fehlenden Evidenz.

Es gibt in der Tat eine Studie zum Thema Reizdarmsyndrom und Symbioflor 2 [1]. Allerdings wurde sie von der EMA als methodisch schwach bewertet und die breitere Zulassung für funktionelle Magen-Darm-Störungen wurde der Firma 2017 aufgrund fehlender Daten sogar entzogen. Symbioflor 1 ist übrigens gar nicht erst für den Magen-Darm-Bereich zugelassen, sondern zur Verminderung der Rezidivrate bei wiederkehrenden Infektionen der oberen und unteren Atemwege. Meinen Proktologen hat es nicht davon abgehalten, mir beides gegen mein Reizdarmsyndrom zu verschreiben (natürlich Selbstzahlerleistung und nicht billig). Das Geld und die Nebenwirkungen hätte ich mir, im Nachhinein betrachtet, definitiv sparen können.

Welcher Anbieter bietet was?

Nachdem wir jetzt wissen, welche Analysen angeboten werden, wäre es hilfreich zu erfahren, welcher Anbieter denn nun welche Methode genau verwendet. Und hier wird es leider undurchsichtig.

Die meisten Anbieter machen die genaue Methode auf ihrer Webseite nicht transparent. Meist findet man lediglich Schlagworte wie "molekulargenetisch" oder "NGS" (Next Generation Sequenzierung). Das ist ärgerlich, möchte man doch gerne im Voraus wissen, was einen erwartet. Zum Glück bieten einige Hersteller Beispielberichte und auch ich habe schon den ein oder anderen Bericht erhalten. Daraus konnte ich dann einigermaßen auf die verwendeten Methoden schließen und fasse die in der weiter unten stehenden Tabelle zusammen.

PCR-Hybridisierungsmethode GA-map^® Dysbiosis Test

Aber vorher noch ein Positivbeispiel. Das IMD Berlin beschreibt auf seiner Webseite ziemlich detailliert, was sie tun. Und zwar verwenden sie weder die klassische Sequenzierung, noch eine reine PCR. Stattdessen scheinen sie eine Art spezielle PCR-Hybridisierungsmethode anzuwenden, einen GA-map Dysbiosis Test, ein von einer norwegischen Firma CE-zertifiziertes Kit, das gezielt nach einer vorab festgelegten Liste klinisch relevanter Bakterien sucht. Wer es technisch genauer möchte, schaut in den folgenden Kasten. Ansonsten bleibt festzustellen, dass diese Methode im Vergleich zu den anderen Methoden standardisiert ist, da es eine festgelegte Sammlung von Bakterien-Fingerabdrücken ("Sonden-Bibliothek") und eine einheitliche Auswertungssoftware gibt. Der Nachteil ist, dass nur eine vordefinierte Auswahl erfasst wird. Laut Hersteller sind es rund 50 Sonden, die zusammen über 300 Bakterien abdecken, teils nur auf Gattungsebene.

Vergleich der Anbieter

Zu der klassischen Kultur gibt es tatsächlich aktuelle Forschungsarbeiten, die man nicht außer Acht lassen sollte. Das dazugehörige Forschungsfeld nennt sich Culturomics und hat sich in den letzten Jahren stark weiterentwickelt. Mittlerweile lassen sich theoretisch deutlich mehr Bakteriengruppen kultivieren [2]. Allerdings ist der durch den Hausarzt beauftragte Test in den allermeisten Fällen das Standardverfahren, welches nur einen kleinen Teil der Darmbakterien aufdeckt.

Welche Methode für welchen Zweck?

Am wichtigsten bleibt bei der Wahl nach der passenden Methode die Fragestellung, die ich mit diesem Test eigentlich beantworten will.

Bei einem konkreten Verdacht auf einen bestimmten Erreger oder eine bestimmte Bakteriengruppe (Beispiel: Fehlbesiedlung nach Antibiotikatherapie) macht eine zielgerichtete, quantitative Methode (qPCR oder GA-map) am meisten Sinn. Unter der Voraussetzung natürlich, dass der gesuchte Erreger auf der Liste des Anbieters steht.

Fehlt eine konkrete Fragestellung, weil man einfach ein allgemeines Interesse an der Zusammensetzung, Diversität oder Ökologie des eigenen Mikrobioms hat, kann eine offene Sequenzierung (16 S oder Shotgun) die bessere Wahl sein, weil man nicht auf eine Liste festgelegt ist und auch Unerwartetes finden kann.

Immer zu beachten ist dabei aber, dass eine belastbare, individuelle Diagnose oder Handlungsempfehlung durch keine der aktuellen Methoden wirklich zuverlässig abgedeckt wird. Dazu kommen wir aber gleich noch.

Bleibt nur noch zu sagen, dass die klassische Kultur beim Hausarzt eigentlich nur dann sinnvoll ist, wenn eine der wenigen kultivierbaren Arten (z. B. E. coli oder bestimmte Pilze) zu den Hauptverdächtigen zählen. Für alles andere ist die Methode schlicht blind.

Ein Praxisbeispiel zur Veranschaulichung

Ich muss zugeben, dass ich dank meiner Wissbegierde im Besitz einer netten Sammlung von eigenen Mikrobiomtestergebnissen bin. Teils habe ich jährlich testen lassen, teils sogar relativ zeitnah mit zwei unterschiedlichen Messmethoden.

So hatte ich zu Anfang tatsächlich schon einmal eine zu hohe Anzahl an histaminbildenden Bakterien, gleichzeitig haben mir Bifido- und Laktobakterien gefehlt. Das ist praktisch "bilderbuchmäßig schön", schnell das passende Kombi-Probiotikum mit Bifidobacterium und Lactobacillus und nach wenigen Wochen sollte alles wieder ok sein. Bei der nächsten Analyse waren dann die histaminbildenden Bakterien deutlich reduziert, Bifidobacterium war fast zu hoch und Lactobacillus auch wieder präsent. Trotzdem waren die Symptome nicht verschwunden, die Histaminintoleranz leider auch nicht :(

Stattdessen ist etwas anderes in den Fokus gerückt, ein deutlich zu hoher Prozentanteil Prevotella spp. Bei der ersten Analyse noch unauffällig, dann ein sprunghafter Anstieg und über die Jahre Persistenz auf hohem Niveau. Prevotella wird einerseits als tolles Bakterium gefeiert, das auf eine stark pflanzenbasierte, ballaststoffreiche Ernährung schließen lässt, wie sie etwa in ländlichen Regionen Afrikas Alltag ist. Dort sind Anteile von 25% im Mikrobiom nicht ungewöhnlich. Andererseits gibt es einige Studien, die einen Zusammenhang zwischen Prevotella und rheumatoider Arthritis aufzeigen [3]. Letztere ist bei mir aber ziemlich sicher nicht präsent.

Ratlosigkeit machte sich breit. Ich muss nicht erwähnen, dass meine, eigentlich recht aufgeschlossene Hausärztin, bei diesem Thema definitiv das Handtuch geworfen hat. Da aber die Prevotella-Dominanz in meinem Mikrobiom mit Abstand die größte Unregelmäßigkeit darstellte, war ich überzeugt davon, hier müsse die Lösung zu finden sein (und damit, die eierlegende Wollmilchsau, die wir alle nur zu gut kennen). Mit Hilfe eines fachlich sehr versierten Gesundheitsberaters quälte ich mich daraufhin durch eine mehrmonatige Ernährungsumstellung, die Kohlenhydrate und alles, was Prevotella als Nahrung interessant finden könnte, kategorisch ausschloss. Ziel war die Aushungerung der kleinen Gesellen - und, wie sich herausstellte, letztendlich auch meine eigene. Eine längerfristige, sehr kohlenhydratarme Ernährung kann bei Frauen hormonelle Nebenwirkungen haben, ein Thema, dem wir sicher noch einen Artikel widmen werden.

Zurück zum eigentlichen Thema. Die Mikrobiomanalysen haben mir einige interessante Aspekte aufgezeigt, mich eine gewagte Therapie starten lassen, evidenzloses Neuland sozusagen, und mich definitiv alleine mit den bunten Diagrammen und interessanten Geschichten zu den einzelnen Spezies erfreut - aber die belastbare Diagnose oder zum Erfolg führende Handlungsempfehlung gab es bei mir leider nicht.

Normwerte, die nicht normal sind

Hier möchte ich wiederum mit einer Beobachtung aus meinen eigenen Stuhltests starten. Ich hatte zwei Analysen, mit nur drei Wochen Abstand, an zwei unterschiedliche Labore geschickt. Das eine war eine klassische Kultur, das zweite eine molekulargenetische Untersuchung des Stuhls. Bei beiden wurde jeweils der pH-Wert mitgemessen. Bei einem als stabil geltenden, grundsätzlich wenig schwankenden Parameter erwartet man nicht, dass er sich großartig unterscheidet. Falsch gedacht. Der erste Wert lag bei 6,0, der zweite bei 6,7. Interessanterweise wurden beide als auffällig gemeldet. Der erste Wert wurde als zu niedrig gemeldet, bei einem Referenzbereich von 6,2-6,8. Der zweite Wert als zu hoch, bei einem Referenzbereich von 5,5-6,5.

Ironischerweise wären beide Werte beim jeweils anderen Labor als unauffällig durchgegangen. Erklärungen gibt es natürlich einige (unterschiedliche Mess- oder Transportbedingungen), doch ich frage mich: Wenn selbst die Referenzbereiche für einen scheinbar simplen Messwert, wie den pH, dermaßen uneinheitlich sind, wie stark trifft das dann erst auf komplexere Werte, wie die Bakterienzusammensetzung, zu?

Eine internationale Konsenserklärung aus dem Jahr 2025, veröffentlicht im Lancet Gastroenterology & Hepatology [4], kommt zu dem Punkt, dass das Interesse am Mikrobiom als diagnostisches Werkzeug zwar rasant wächst, aber die Evidenz für den tatsächlichen klinischen Nutzen weiterhin spärlich bleibt. Bis heute gibt es leider keinen Konsens darüber, wie kommerzielle Anbieter überhaupt reguliert werden sollten.

Damit wären wir beim eigentlichen Problem. Selbst wenn eine Methode technisch einwandfrei arbeitet, fehlt am Ende eine wissenschaftlich abgesicherte Antwort auf die Frage, wie ein "gesundes" Mikrobiom überhaupt aussieht.

Ein ehrliches Fazit

Schon mein letzter Artikel hatte ein eher ernüchterndes Ende. Heißt das jetzt also, man sollte gar nichts mehr testen lassen? Das würde ich so nicht sagen. Im Prinzip ist es hier nicht anders als in vielen Bereichen chronischer Erkrankungen: die Forschung hinkt der Praxis hinterher. Es wird einfach zu wenig und uneinheitlich geforscht, praktisch ohne Masterplan. Vieles bleibt leider Spekulation.

Das soll aber nicht heißen, dass man nichts tun kann oder sollte, nur weil die letzte Absicherung fehlt. Man sollte aber mit realistischen Erwartungen an das Ganze gehen. Ein Mikrobiom-Befund ist kein festes Urteil, sondern maximal ein Ausgangspunkt für eine gut überlegte, engmaschig beobachtete Selbsterprobung. Meine Low-Carb-Odyssee zeigt, warum man drastische Schritte nicht allein auf einen Befund stützen sollte. Nicht für eine sichere Diagnose oder gar ein Wundermittel, aber manchmal reicht ein Anhaltspunkt, um den nächsten Schritt etwas gezielter zu wählen.

Ein schönen Wochenendausklang, Dani

P.S. Ein Nachtrag: Ich, Lisa, war am Wochenende auf der 10. Allergie- und Endoskopietagung in Erlangen unterwegs und habe passend zu unserer Newsletter-Reihe auch in der Podiumsdiskussion mit mehreren Experten zum Thema "Multi-Kulti im Darm" diskutieren dürfen. Dabei waren unter anderem Prof. Konturek, der schon viele Mikrobiomtransfers (FMT) durchgeführt und dazu publiziert hat, Prof. Willmann vom Synlab Labor und Prof. Molderings, die zusätzlich zur Podiumsdiskussion jeweils eigene Vorträge gehalten haben. Prof. Molderings hat spannende Insights zum Thema MCAS geliefert, es gab weitere Vorträge zur Genetik des Histaminabbaus und vieles mehr. Diese und noch viele weitere Vorträge sind in den nächsten Wochen abrufbar. Es lohnt sich reinzuschauen, ganz besonders, da dieses Jahr die Tickets kostenlos sind.

Schau daher doch gerne nochmal auf www.allergietagung.de vorbei.

Ich finde übrigens, dass Dani mit dieser Reihe zum Mikrobiom etwas richtig Spannendes gestaltet hat, daher auch von mir ein Danke! Dani freut sich über Feedback zu den Beiträgen. Wenn du das auch so siehst oder Fragen hast, schreib gern einen Kommentar oder antworte einfach auf diese Mail.

Referenzen

[1] Enck P, Zimmermann K, Menke G, Klosterhalfen S. Randomized controlled treatment trial of irritable bowel syndrome with a probiotic E.-coli preparation (DSM17252) compared to placebo. Z Gastroenterol. 2009 Feb;47(2):209-14. doi: 10.1055/s-2008-1027702. Epub 2009 Feb 5. PMID: 19197823.

[2] Song HS, Kim YB, Kim JY, Roh SW, Whon TW. Advances in Culturomics Research on the Human Gut Microbiome: Optimizing Medium Composition and Culture Techniques for Enhanced Microbial Discovery. J Microbiol Biotechnol. 2024 Apr 28;34(4):757-764. doi: 10.4014/jmb.2311.11024. Epub 2024 Feb 19. PMID: 38379289; PMCID: PMC11091661.

[3] Abdelsalam NA, Hegazy SM, Aziz RK. The curious case of Prevotella copri. Gut Microbes. 2023 Dec;15(2):2249152. doi: 10.1080/19490976.2023.2249152. PMID: 37655441; PMCID: PMC10478744.

[4] Porcari S, Mullish BH, et al. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2025 Feb;10(2):154-167. doi: 10.1016/S2468-1253(24)00311-X. Epub 2024 Dec 5. PMID: 39647502; PMCID: PMC12343204.